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DNA羟甲基化测序服务简介

项目介绍

DNA 羟甲基化修饰作为表观遗传学的重要组成,是在 DNA 甲基化改变的基础上,在胞嘧啶第五位碳原子的甲基基团上增加一个羟基生成 5-羟甲基胞嘧啶而完成 DNA 的去甲基化过程。2009 年,Rao 和 Heintz 及其同事分别报道了 5hmC 修饰水平在不同类型的细胞和组织中存在显著差异,其中在人、小鼠大脑及胚胎干细胞中表达丰富,它可能通过影响

染色质结构和局部转录活性而参与基因调控。5hmC 在肺癌、脑癌、肝癌、肾癌、皮肤癌、前列腺癌、乳腺癌和结肠癌等多种癌症中的含量均有显著降低,表明 5hmC 在癌症发展中发挥重要作用。此外,骨髓增生异常综合征、亨廷顿病和阿尔茨海默病中也发现异常的 5hmC 分布。因此,5hmC 不仅是去甲基化过程的关键中间体,也是疾病诊断、治疗和预后的重要生物标志物。5hmC 的超灵敏检测能够为理解疾病发展的表观遗传规律和疾病早期诊断提 供有力支持。 目前已有的基于亚硫酸氢盐的方法如 TAB-seq 以及 oxBS-seq 能够在单碱基分辨率上检测 5hmC,提供了较全面和精确的定量信息。然而,由于对测序覆盖率要求高,使得这些检测方法价格昂贵。并且氧化和亚硫酸氢盐处理也会导致基因组 DNA 的大量降解,限制了它们在有限样品下的研究实用性。相比之下,基于富集的分析方法测序成本较低,可以应用于 5hmC 的研究。然而,基于抗体的富集法需要输入微克水平的基因组 DNA 并且可能还会导致序列偏差。此外,它还不能用于分析临床样本,因为临床样本中目标细胞或输入的 DNA 数量都很少,难以满足方法要求。GLIB 沉淀法同样也存在着起始样品输入量大的问题。 威尼斯人登录网址 提供的 DNA 羟甲基化测序服务是基于点击化学反应的捕获法,该方法起始样本量要求低,成本低、用时短并可减少了大量不必要的冗余基因,极大地提高了特定目标区域的研究效率。

技术支持

电 话:021-57072057,2096

E-mail:genome@togelterjitu.com

genome2@togelterjitu.com

主要流程

订购流程

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备注

1、电子版送样信息表可从下载专区获得

2、填写好的表格需发送至项目助理邮箱:dna_sample@togelterjitu.com

订购信息

项目名称 目录价 周期
DNA羟甲基化测序 6000元/样 30个工作日

样品类型及运输条件

1、细胞:5×106以上,收集细胞,PBS 洗两次,离心后尽量去除 PBS,保留细胞沉淀,封口膜封好,干冰运输。

2、组织:100 mg以上,样品置于1.5 ml EP 管中,封口膜封好,-20℃以下保存,干冰运输。

3、gDNA:1 μg以上,样品置于1.5 ml EP 管中,封口膜封好,干冰或者冰袋运输,避免反复冻融。

最终交付

交付信息

1.测序原始数据

2.实验结果类文件

3.分析报告及分析结果文件

分析结果示例

DNA 羟甲基化分析内容如下:

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1.DNA 羟甲基化富集峰识别

通过高通量测序和生物信息分析,识别甲基化富集的基因组区域,威尼斯人登录网址 对每个样品组做一个 Input 对照,以去除基因组背景,降低假阳性率。

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表1. 羟甲基化富集区域结果

2.羟甲基化富集峰注释

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图2. 5hMC 峰在基因元件上的分布饼图

(不同的颜色代表不同的基因元件,饼面积表示落在该基因元件上 5hMC 峰所占百分比)

3.差异羟基化区域(DhMRs)鉴定

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图3. DhMRs 火山图

图4. DhMRs 基因组分布圈图

4.差异羟甲基化区域功能注释及富集分析

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图5. 关联基因 GO 注释分类柱状图

(横轴为功能分类,纵轴为该分类内基因个数(右)及其占被注释上基因总数的百分比。不同颜色代表不同的分类。 柱状图和坐标轴上深色代表关联基因,浅色代表所有基因)

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图6. 显著富集功能散点图

(纵轴表示功能注释信息,横轴表示功能对应的 Rich factor ,Qvalue 的大小用点的颜色来表示,Qvalue 越小 则颜色越接近红色,每个功能下包含的关联基因的多少用点的大小来表示。)

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